موسسه کمک به معارف افغانستان پس از یک ارزیابی که از مکاتب دخترانه در سال ۲۰۰۲ انجام داد. نتیجهی بدست آمده از ارزیابی نشان میداد که شمار زیادی از دختران که در حدود ۱۸ سال عمر داشتند، شامل صنوف سوم و چهارم گردیده بودند. دلیل عقب ماندهگی آنها از کاروان تعلیمی بسته شدن مکاتب دخترانه در دوران طالبان بود؛ چون قبل از دورهی طالبان صنوف اول و دوم را تکمیل نموده بودند، ناگزیر بودند بخاطر حفظ تسلسل درسی شامل صنوف سوم و چهارم گردند. نتیجه مصاحبه با دانش آموزان همچنان نشان میدهد که شمار زیادی از آنها علاقهمند اند تا پس از فراغت از مکتب، تحصیلات عالی خود را ادامه داده و در آینده دکتوران، حقوق دانان، انجینیران و معلمهای موفق گردند تا از آن طریق مصدر خدمت به جامعهی خود گردند.
AAE با درک این وضعیت، موسسه کمک به معارف افغانستان لازم دانست تا یک برنامه ی تسریعی را طرح نماید تا از طریق آن سال هایی را که خانم ها از ادامهی تعلیم به عقب مانده اند، جبران نمایند و زودتر به یکی از بزرگترین آرزو های شان، که فارغ التحصیل شدن است، برسند. در سال ۲۰۰۳، پس از این که سه باب مکتب موسسه کمک به معارف افغانستان به صورت عملی به فعالیت آغاز نمودند، این نهاد درخواست های فراوانی را از ولایات مختلف مبنی بر فعال سازی مکاتب بیشتر دریافت نمود تا از طریق آن بتواند زمینه فراهم سازی خدمات آموزشی را برای خانم های بیشتر، که در طول چند سال از تعلیم بازمانده بودند، مهیا سازد. حمایت و درخواست های مکرر هموطنان باعث گردید تا موسسه الی سال ۲۰۰۷ موفق به فعال سازی ۱۳ باب مکتب در ۹ ولایت گردد. در همین سال، موسسه کمک به معارف افغانستان توافقنامه دوجانبه را با وزارت معارف افغانستان به امضا رسانید که طبق آن اجازه تطبیق برنامهی تسریعی در تمام مکاتب موسسه کمک به معارف، از سوی وزارت تصویب گردید. با بدتر شدن وضعیت امنیتی نا گزیر گردیدیم تا برخی از مکاتب خود را در ولایت جوزجان، سمنگان و سرپل به حالت تعلیق در آورده و فعالیت های خود را در ولایت های کابل ، پروان، بلخ، بامیان، غزنی و بدخشان متمرکز سازیم.